หมู่บ้านญี่ปุ่น ก่อตั้งขึ้นประมาณค.ศ. 1624 ตั้งอยู่บนฝั่งตะวันออกของแม่นํ้าเจ้าพระยา ได้รับพระราชทานที่ดินตั้งชุมชนบ้านเรือนอยู่บริเวณใกล้เคียงกัน แรกเริ่มเดิมทีที่นี่เป็นเพียงชุมชนเล็กๆ ของพ่อค้าเรือสำเภาชาวญี่ปุ่นหัวหน้าหมู่บ้านญี่ปุ่นสมัยนั้นคือ ยามาดะ นางามาซะ ได้จัดตั้งกองทหารอาสาญี่ปุ่น และมีบทบาทในการช่วยปราบปรามกบฎ ตลอดจนเชื่อมสัมพันธ์ทางการค้าระหว่างไทยและญี่ปุ่น

ปัจจุบันหมู่บ้านญี่ปุ่นได้รับการจัดตั้งขึ้นเป็นพิพิธภัณฑ์หมู่บ้านญี่ปุ่นเป็นส่วนหนึ่งของศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา จัดตั้งขึ้นโดย สมาคมไทย – ญี่ปุ่น ร่วมมือกับนักวิชาการไทยและนักวิชาการญี่ปุ่น